虽说北上广深等地在黑臭水体治理这方面开展了有利的探寻和实践，不过在全国各地范围之内全方面解决城市黑臭水体，依然面临某些困难和情况。

一是底数不清，缺乏清晰标准的判断标准和依据。现阶段，许多城市河堤没有监测断面，河堤水质状况暂未被掌握。各省间及其各地市间黑臭水体河长、面积等不匹配的情形，并且城市黑臭水体治理关乎城市水环境状况排名，地方政府在公开清单和整治进度这方面存有犹豫和矛盾的心理。另外，存有认为排污控制区的河堤黑臭是正常现象的理解误区。

二是治理方式单一，系统化欠缺限制黑臭水体治理效果。一部分城市黑臭水体治理寄望污水拦截、清淤、筑坝、护岸等措施，治理方式较为单一，一些区域采用在河沟、河渠上“加盖”，作为排污暗沟，尽管暂时防止了恶臭的散出，提升了观感，但加盖后封于地下的河道水体也会更进一步加剧，会对河流水体产生毁灭性破坏。为了更好地构建城市水体景观，很多区域修建了橡胶坝，进而造成下游区域几乎断流，断头河、有河皆干、有水皆污的问题不计其数。为了更好地防洪泄洪，一部分区域改河堤自然护岸为混凝土护岸，以至于“三面光”——河的两岸和河底均被混凝土衬上，严重的阻碍了水陆生态系统的联络，损坏了水体的生态系统平衡。黑臭水体的治理普遍欠缺规范化设计和宏观向导指引。应对黑臭只是城市水体治理的最初标准，城市水体要变为群众的亲水区域，变为城市的生态步道和绿网，城市黑臭水体治理亟待进行顶层设计，进行规范化的指导。

三是协调机制不成熟，城市黑臭水体治理作为水治理的主要内容，“九龙治水水不治”的困局尚未冲破，治水合力尚未形成。城市黑臭水体治理牵涉多行政管理部门，污染物排放监督管理牵涉环境保护部门，污水口设置以及河道管理牵涉水利（水务）部门，污水管网等基础设施建设牵涉住建部门，其余还牵涉景观、规划、土地等主管部门，管控协调难度大。

四是管理体制不完善，黑臭水体存在反弹的可能性。黑臭水体在治理过程中，倘若污染源治理不彻底、治理后管控不到位，极易发生黑臭水体反弹的情况，主要表现为丰水期好、枯水期差，晴天时水体好，下雨天又黑又臭的情况。黑臭水体治理应该始终坚持工程项目和管理规范并举，两手抓，两手都要硬，一同推动黑臭水体的应对以及良好水体的修复。

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